第一类苗和第二类苗最根本的区别是，第一类苗是国家免费提供的、公民有义务需要接种的疫苗。之所以把一部分疫苗纳入第一类苗范围，是根据国家的财力、我国传染病流行的情况来决定的，是为了优先控制严重危害我国儿童健康的传染病。是否确定为一类苗，还要根据该疫苗能否安全有效地预防疫苗针对传染病的发生、流行；此外，还要考虑到疫苗的生产成本，国家财政能否负担。

但是，第一类疫苗与第二类疫苗的品种不是固定不变的，根据我国疾病预防控制工作的需要，随着国民经济的发展与提高，原来属于第二类疫苗的产品，也有可能被纳入到第一类疫苗进行管理。如2002年前接种乙肝疫苗都是由受种者承担一切费用，但是，根据预防控制乙肝的需要，随着国民经济的发展，国务院决定从2002年起，将乙肝疫苗纳入国家免疫规划疫苗，由原来的第二类疫苗变为第一类疫苗。