预防接种的对象是健康人群，其安全性历来受到各国政府和世界卫生组织的重视。疫苗在注册前都需要经过严格的动物实验和临床研究；在上市使用前都要实施严格的批签发制度；疫苗接种过程有规范的要求，保证预防接种的安全性。但疫苗对于人体毕竟是异物，在诱导人体免疫系统产生对特异疾病的保护力的同时，由于疫苗的生物学特性和接种对象个体差异（健康状况、过敏性体质、免疫功能不全、精神因素等），少数个体接种后会发生不良反应，其中绝大多数为一般反应（如局部红肿、疼痛、硬结等局部症状，或发热、乏力等全身症状），可自愈或仅需一般对症处理，不会引起机体组织器官、功能损害。仅有很少部分个体可能造成器官组织损伤，但发生率极低。